稍后见，汉娜！

在“鹡鸰计划”被强制终止数年后，新的危机降临。一个自称“原初鹡鸰”的神秘组织出现，她们力量远超普通鹡鸰，意图通过重启并掌控整个鹡鸰系统，实现所谓的“人类净化”。曾经的苇牙佐桥结已成长为可靠的青年，他与自己的鹡鸰们——月海、草野、松——过着平静生活，但不得不再次卷入纷争。这次，他们不仅要对抗强大的新敌人，还要面对部分因系统重启而再次陷入争斗的旧日鹡鸰同伴。结与他的伙伴们奔走于新东京的各个角落，联合其他苇牙，甚至与部分M.B.I残存势力达成临时同盟，寻找彻底终结鹡鸰系统的核心“天之御柱”。战斗全面升级，情感羁绊面临终极考验，一场决定所有鹡鸰命运的最后战役即将打响。